روحانی درباره چگونگی پذیرش مسئولیت پرونده هسته‌ای گفت: رهبری من را خواست و خدمت ایشان رفتم. ایشان اصرار کرد که بپذیرید، چرا نمی‌پذیرید؟ من دلایلم را خدمت ایشان گفتم که چرا نمی‌پذیرم. ایشان در نهایت گفت این بار بر دوش من است، بگیر بر دوش خودت. این تعبیری که ایشان کرد، دیدم نمی‌توانم بگویم نه، گفتم باشد، اگر این هست من برعهده می‌گیرم.
حسن روحانی، رئیس‌جمهور ایران در دوره‌های یازدهم و دوازدهم در دیدار اعضای شورای مرکزی مجمع ایثارگران، چگونگی انتخاب خود به عنوان مسئول پرونده هسته‌ای ایران در سال ۱۳۸۲ را شرح داد:
موضوع هسته‌ای از سال ۸۱ شروع شده و تا امروز گرفتار این مسأله هستیم. هر روز یک بحث پیش آمده است. در سال ۸۲ که آمریکا به عراق حمله و صدام را سرنگون کرد، همین بهانه پرونده هسته‌ای را آمریکایی‌ها در آژانس و شورای حکام بردند. ما در شرایط سختی قرار گرفتیم. دلیلش این بود که در سال ۸۲ آژانس طبق پادمان و مقرراتی که بود، یک بازرسی انجام داد از محل‌هایی که فعالیت هسته‌ای می‌کردیم. نمونه‌برداری کردند که نشان داد غنی‌سازی ۸۰ درصد داریم. وقتی این گزارش در آژانس مطرح شد، اوضاع را بهم ریخت. ما به دوستان انرژی اتمی گفتیم، این داستان چیست؟ گفتند این توطئه آمریکاست. ما اینجا هیچ آلودگی نداریم و اینها دروغ می‌گویند. دستمالی که اینجا کشیدند و بردند تمیز است. یک دستمال دیگر که آلوده بوده، آمریکا به اینها داده و بردند در آزمایشگاه. گفتیم چنین چیزی نمی‌شود، یک تشکیلات بین‌المللی مثل آژانس این کار را نمی‌کند، حیثیت و آبروی خودش را برای این کار نمی‌گذارد. در آن مقطع بود که مسئولین نظام تصمیم گرفتند موضوع هسته‌ای را به بنده واگذار کنند. من که زیر بار نمی‌رفتم. در جلسه‌ای که رهبری، آقایان خاتمی، کروبی و هاشمی رفسنجانی و همه مسئولین بودند، آنجا پیشنهاد کردند. پیشنهادکننده هم آقای خرازی وزیر خارجه بود. گفتند موضوع هسته‌ای ما به جایی رسیده که ایشان باید مدیریت این پرونده را برعهده بگیرد. من گفتم به عهده نمی‌گیرم، نمی‌توانم به عهده بگیرم و آنجا نپذیرفتم. بعد آقای خاتمی به من نامه نوشت و من برایشان نوشتم که نمی‌توانم، من به عهده نمی‌گیرم. حضوری من را خواست، گفتم من به عهده نمی‌گیرم، وزارت خارجه خودش انجام دهد. تا رهبری من را خواست و خدمت ایشان رفتم. ایشان اصرار کرد که بپذیرید، چرا نمی‌پذیرید؟ من دلایلم را خدمت ایشان گفتم که چرا نمی‌پذیرم. ایشان در نهایت گفت این بار بر دوش من است، بگیر بر دوش خودت. این تعبیری که ایشان کرد، دیدم نمی‌توانم بگویم نه، گفتم باشد، اگر این هست من برعهده می‌گیرم. البته بعداً معلوم شد آلودگی به چه دلیل بوده است. سانتریفیوژی که از دلال گرفته بودیم دست دوم بود و همه جا را آلوده کرده بود. سازمان انرژی اتمی نمی‌دانست، فکر می‌کرد که سانتریفیوژ‌های نو را خریده است. سانتریفیوژ‌ها متعلق به کشور دیگر بود، آنها آلوده کرده بودند، با آن غنی‌سازی ۸۰، ۹۰ درصد کرده بودند. آن تمام فضای ما را آلوده کرده بود. بعد‌ها البته روشن شد ولی اول واقعاً خیلی پیچ سختی بود.
